Analiza moleculara a multiple izolate HIV releva o variatie a secventelor la nivelul a mai multor parti din genomul ral. De exemplu, in izolate diferite, gradul de diferentiere in codarea secventelor proteinelor rale de anvelopa variaza de la cateva procente (foarte apropiat) la 50%. Aceste modificari au tendinta sa se izoleze in regiunile hipervariabile. O astfel de regiune, numita V3, este tinta pentru
anticorpii neutralizand si contine situsuri de recunoastere pentru raspunsul celulelor T ( mai jos). Variabilitatea in aceasta regiune este mai probabil datorata presiunii selective exercitate de catre sistemul imun al gazdei. Variabilitatea extraordinara a HTV-l este in contrast marcat cu silitatea genetica relativa a HTLV-I si II.
Exista doua grupe de HIV-l: grupul M (major), care este responsabil pentru majoritatea infectiilor in lume si grupul O (marginal), rus relativ rar, gasit in acest moment in Camerun, Gabon si Franta ( modulul 192). Grupul M contine cel putin opt secvente, subtipuri sau ramuri, notate de la A la H, ce se deosebesc prin aceea ca in acest moment ele difera una de alta intr-un procentaj de 30% la nivelul secventelor env si 14% la nivelul secventelor gag. in mod curios, secventele rale ale grupului O prezinta diferente, intre subtipuri, de aceeasi magnitudine. Ca un rezultat al procesului evolutiv ce urmeaza acestor diferente secventiale desenarea arborelui filogenetic conduce la consectiuneatia in stea, sugestiva pentru originea radiara dintr-un singur rus ancestral, unul pentru grupul M si unul pentru grupul O (sectiunea 308-5).
Patternul global al variatiei HIV-l rezulta mai probabil din accidente de transfer ral. Subtipul B de rus, care acum difera cu pana la 17% in secventa env, este uniform gasit in SUA. Se crede ca, din pura intamplare, acest subtip ral a fost introdus in SUA spre sfarsitul anilor \'70, astfel incit a realizat un efect coplesitor de multiplicare. Subtipul A de rus (din grupul M) pare a fi cel mai comun in intreaga lume, multe tari prezentand circulatie concomitenta a acestor subtipuri rale, ce dau
nastere la multiple forme recombinate. ura 308-6 prezinta schematic distributia in intreaga lume a subtipurilor HIV-l. Subtipul predominant in Europa si cele doua Americi este subtipul B. In Africa mai mult de 75% din tulpinile identificate pana acum au fost subtipuri A,C si D. in Asia, izolatele HIV-l au fost gasite continand subtipuri E, C si B. Subtipul E este responsabil de majoritatea infectiilor in Asia de sud-est, in timp ce subtipul C este prevalent in India ( "Infectia HIV si SIDA in lume\" de mai jos). Analizele secventelor izolatelor HIV-l de la indizi infectati indica faptul ca recombinarea dintre rusuri apartinand diverselor ramuri, apare mai probabil ca rezultat al infectiei unui indid cu rusuri din mai multe ramuri, in special in acele arii geografice unde ramurile se suprapun.
