Exista temeri ca discriminarea in legatura cu angajarile, cu actul medical si asigurarile de sanatate va fi bazata pe rezultatele din testele genetice. Aceste probleme sunt similare cu cele in legatura cu alte informatii medicale, ca
hipertensiunea arteriala, hipercolesterolemia, istoria familiala a unor boli genetice, ca boala Huntington, cancerul de san sau boala coronariana ischemica. Este imperativ ca indidul sa nu fie discriminat pe baza informatiei genetice. Va fi un test pentru societate si pentru profesiunea medicala, ca sa diferentieze beneficiile geneticii medicale de efectele negative posibile ca de exemplu, discriminarea.
Vor trebui luate masuri guvernamentale si legale, necesare pentru a interzice o astfel de discriminare (bazata pe genotip sau predipozitii genetice). Multe societati garanteaza accesul universal la actul medical si este posibil ca testele genetice sa creasca in SUA nevoia accesului universal la sistemul de sanatate, avand costuri standardizate. Aceasta problema este complexa, nu este unica pentru genetica si va fi in continuare dezbatuta. S-a propus testarea genetica anonima pentru aceia care vor sa obtina un sfat genetic, cu un minim risc de dezvaluire a confidentialitatii (de exemplu, teste anonime pentru boala Huntington sau pentru o predipozitie oncologica). Testele anonime creeaza dificultati in asigurarea ca cei cu rezultate ingrijoratoare pot beneficia de o interpretare corecta a testelor, consiliere si tratament eficient, existand deja experiente similare cu testele anonime pentru rusul imunodeficientei umane.
