Tractul urinar trebuie considerat ca o singura unitate anatomica, conectata printr-o coloana continua de urina, care se intinde de la
uretra la rinichi. In marea majoritate a infectiilor tractului urinar
bacteriile dobandesc acces la ca pe calea uretrei. Apoi poate urma ascensiunea bacteriilor din ca si este probabil calea uzuala pentru majoritatea infectiilor parenchimului renal.
Vestibulul ginal si uretra distala sunt in mod normal colonizate cu difteroizi, specii de streptococi, lactobacili si stafilococi, dar nu si cu bacili enterici gram-negativi care cauzeaza frecvent
infectiile tractului urinar. Totusi, la femeile predispuse sa dezvolte cistita, microorganismele gram-negative din
intestin colonizeaza vestibului, mucoasa periuretrala si uretra distala, inainte sau in timpul episoadelor de bacteriurie. Factorii ce predispun la colonizarea periuretrala cu bacili gram-negativi raman putin intelesi dar probabil implica alterarea florei perineale normale prin antibiotice, alte infectii genitale, contraceptive, in special diafragme si spermicide. Un numar mic de bacterii periuretrale reusesc sa ajunga probabil frecvent in ca, proces facilitat la unele femei de
masajul uretral din timpul contactelor sexuale. Aparitia infectiei cii depinde de interactiunile dintre patogenicitatea speciei, dimensiunea inoculului si mecanismele locale si sistemice de aparare ale gazdei.
In circumstante normale, bacteriile localizate in ca sunt rapid eliminate; partial prin efectele de spalare si de dilutie ale eliminarii urinii, dar si ca rezultat al proprietatilor antibacteriene ale urinei si mucoasei cii. Datorita mai ales concentratiei mari de uree si osmolaritatii crescute,
urina cala a multor persoane normale inhiba sau ucide bacteriile. La fel, secretiile prostatice au proprietati antibacteriene.
Leucocitele polimorfonucleare din peretele cii par de asemenea sa joace un rol in inlaturarea bacteriuriei. Rolul anticorpilor produsi local ramane neclar.
Pielonefrita hematogena survine cel mai frecvent la pacientii debilitati, care fie au o boala cronica, fie primesc un tratament imunosupresiv. Infectiile stafilococice sau candidozice metasta-tice ale rinichiului pot urma bacteriemiei sau fungemiei, raspandirii dintr-un focar de infectie aflat la distanta la nivelul osului, pielii, endoteliului sau oriunde altunde.