Multe analize ale genomului uman utilizeaza procedura de marcare dezvoltata de E.M. Southern, care implica hibridizarea ADN-ului in solutie cu ADN-ul fixat pe un suport membranar. Metoda de marcare Southern (Southern blotting) (ura 65-6) pentru analiza clinica incepe cu izolarea ADN-ului genomic din surse ca leucocite periferice sau celule fetale. Sensibilitatea metodei Southern este obtinuta prin clivarea ADN-ului in fragmente mici, fragmentele fiind fractionate prin electroforeza pe gel de agaroz si aplicand o metoda sensibila de identificare a fragmentelor specifice (hibridizarea acidului nucleic). Aceasta metoda poate detecta fragmente unice ale ADN-ului genomic, fragmente ce reprezinta tipic aproximati1 parte din 1 milion a genomului. Performanta clinica a metodei de marcare Southern consta in capacitatea de a analiza o portiune mica specifica a structurii primare a ADN-ului genomic uman de la un individ. Procedura este utila pentru detectarea rearanjamentelor mari din ADN si a catorva mutatii punctiforme, dar majoritatea mutatiilor punctiforme nu sunt detectate prin aceasta metoda.
O procedura similara, care incepe cu ARN-ui pentru analiza, este denumita metoda de marcare northern (northern blotting) -in contrast cu Southern blotting. In aceasta procedura poate fi determinata prezenta sau absenta si marimea aproximativa a unui ARNm particular. Termenul de imunomarcare sau marcare western (western blotting) descrie o procedura creata pentru a analiza antigene proteice. Proteinele sunt separate prin electroforeza si transferate pe o membrana solida prin intermediul procedurii de marcare. Membrana este analizata prin incubarea cu anticorpi, urmata de a doua etapa, pentru detectarea enzimatica sau radioactiva a anticorpilor legati. Astfel, metodele de marcare Southern, northern si imuno-marcarea sau marcarea western combina fiecare o fractionare a unui fragment si o metoda de detectie ce asigura o tehnica sensibila pentru analiza ADN-ului, ARN-ului si respectia proteinei (el 65-2).
