Multe cazuri de
diaree neinflamatorie sunt autolimitate si pot fi tratate empiric, iar in aceste cazuri clinicianul poate sa nu aiba neie de determinarea etiologiei specifice. E.
coli potential patogena nu poate fi deosebita prin culturi de rutina de flora fecala normala. Testele speciale pentru detectarea TL si TS nu sunt disponibile in majoritatea laboratoarelor clinice. In situatiile cand este suspectata holera,
coprocultura trebuie efectuata pe mediu cu agar-tiosulfat-citrat-saruri biliare-sucroza (TCBS).Un test de aglutinare cu latex a facut posibila pentru multe laboratoare detectarea rapida in scaun a rotavirusurilor, dar pentru identificarea virusurilor Norwalk-like este inca necesara microscopia electronica sau masurarea raspunsului serologic cu o tehnica radioimunologica. Trebuie examinate la microscop cel putin trei probe de materii fecale pentru chisturi de Giardia sau trei lame colorate pentru Cryptosporidium daca suspiciunea clinica privind implicarea acestor microorganisme este mare. La toti pacientii cu
febra si probe ce sustin o boala inflamatorie trebuie efectuate coproculturi pentru Salmonella, Shigella si Campylobacter. Salmonella si Shigella pot fi detectate pe mediul MacConkey cu agar ca niste colonii ce nu fermenteaza lactoza (incolore) sau pot creste pe agar pentru Salmonella-Shigella sau in bulion imbogatit cu selenit, fiecare din aceste medii inhiband majoritatea microorganismelor cu exceptia acestor agenti patogeni. Izolarea lui Campylobacter jejuni necesita inocularea de materii fecale proaspete pe medii selective de crestere si incubarea la 42°C intr-o atmosfera microaerofila. E. coli enterohemoragica serotipul 0157:H7 poate fi identificata in laboratoare specializate prin serotipare, dar poate fi, de asemenea, identificata prezumtiv ca o colonie indol-pozitiva ce fermenteaza lactoza si care nu fermenteaza sorbitolul (colonii albe) pe placile MacConkey cu sorbitol. Materiile fecale proaspete trebuie examinate pentru chisturi si trofozoiti amibieni. Tipurile patogene de C. difficile in general produc doua toxine, A si B. Toxina B poate fi identificata printr-o tehnica citotoxica; daca toxina este prezenta, o cultura de fibroblasti in monostrat va prezenta efecte citopatice in 6-24 h. Recent au fost dezltate
tehnici imunoenzimatice rapide si teste de aglutinare atat pentru toxina A cat si pentru toxina B.