Microorganismele atasate de suprafata mucoasa folosesc mecanisme specifice pentru a invada structuri mai profunde ale gazdei. Meningococii si gonococii penetreaza si traverseaza celulele epiteliale ale mucoasei prin transcitoza. Haemophilus influenzae penetreaza croindu-si drum prin jonctiunea dintre celulele epiteliale. Salmonelele determina macrofagele gastrointestinale ale gazdei (de ex. din placile Peyer) sa le inglobeze si sa le fagociteze; aceste bacterii nu pot fi distruse de catre fagolizozomii unui macro fag neactivat si ulterior prolifereaza si se revarsa in torentul sanguin. Cisticercii de schistosoma strabat epidermul gazdelor expuse la apa proaspat contaminata si sunt capabili sa-si elimine invelisul, sa se maturizeze si sa intre in circulatie. Alti agenti patogeni incluzand bacterii (Rickettsia rickettsii si Yersinia pestis), rusi (rusul febrei Aden si rusul encefalitei estice equine) si paraziti (Plasmodium si Trypanosoma) pot avea nevoie de ajutorul unui vector-insecta pentru a distruge pielea protectoare si a intra in circulatie.
Infectia are un impact major atat asupra microorganismului cat si asupra gazdei. Este recunoscut faptul ca microbii care invadeaza organismul percep schimbarile din mediul care ii inconjoara si se adapteaza lor prin mecanisme de reglare complexe, "declansand\" factorii de rulenta necesari invadarii si supraetuirii in interiorul gazdei. De exemplu, tulpinile de Yersinia si Shigella si Bordetella pertussis declanseaza aparitia unor factori de rulenta ca raspuns la expunerea la 37°C, temperatura probabila din momentul infectiei. Alti factori determinanti ai rulentei - de exemplu toxina de tip shiga a E.
coli enterohemoragice- sunt exprimati ca raspuns la nivelul scazut de fier din interiorul gazdei, unde
fierul este legat strans de transferina si de alte proteine. Multi astfel de factori de rulenta bacteriana sunt controlati de sisteme reglatorii formate din doua componente: o componenta proteica sesizeaza schimbarile de mediu si apoi stimuleaza (deseori prin fosforilare) o a doua proteina care regleaza coordonarea expresiei unui grup de gene ale caror produse faciliteaza supraetuirea in mediul-gazda.
