Procesul mortii celulare programate, sau apoptoza, joaca un rol crucial in organizarea si modelarea tisulara care apare in timpul embriogenezei si dezvoltarii normale a multor tesuturi. Inducerea apoptozei duce la indepartare celulelor inutile si lezate in multe sisteme celulare si este determinanta in reglarea raspunsurilor normale la antigen ale sistemului imun. in general o larga varietate de stimuli activeaza receptorii celulari de suprafata (de exemplu, membrii familiei receptorilor TNF sau proteine inrudite) sau receptorii citoplasmatici (de exemplu, ceramide, glucocorticoizi) care stimuleaza grupuri de proteaze, ca enzima de conversie a IL-lJ3. Aceste proteaze fie cliveaza molecule care duc ele insele la moartea celulara, fie activeaza alte enzime care cliveaza moleculele, fenomen ce duce in cele din urma la moartea celulei (ura 305-l4). Stadiile terminale ale acestei succesiuni de evenimente conduc la moartea celulei caracterizata prin degradarea proteinelor citoplasmatice (actina) si a cito-scheletului nuclear si prin clivarea ADN la intervale regulate (nucleozomi), ceea ce duce la dezintegrarea nucleara observata la microscopia electronica si la "scalificarea\" ADN analizata in electroforeza in gel de agaroza. Nivelul de expresie al unor proteine citosolice, cum ar fi CrmA si Bcl-2, regleaza negativ procesul apoptozei prin inhibarea activarii proteazelor citosolice care induc moartea celulara. De exemplu, celulele T care sunt selectate negativ in timus sunt induse sa sufere apoptoza si au niveluri scazute de proteine ca Bcl-2, in timp ce timocitele medulare care au fost stimulate pentru proliferare si supraetuiesc selectiei timocitelor (selectie pozitiva) au niveluri inalte de Bcl-2.
Astfel, in sistemul imun, apoptoza este un mecanism indus pentru indepartarea celulelor T autoreactive din timus in timpul selectiei negative, pentru indepartarea celulelor B si T autoreactive din organele limfatice periferice in urma contactului celulei imune cu antigenul sau cu celulele T helper antigen reactive, in
splina si in ganglionii limfatici si pentru indepartarea celulelor infectate ral sau a celor maligne, aceasta dupa contactul lor cu limfocitele T CD 8+ antigen specific citotoxice. Inducerea apoptozei este unul dintre cele doua mecanisme principale al lizei celulelor tinta de catre limfocitele T citotoxice, celalalt constand in eliberarea moleculelor citotoxice denumite perforine.